Fue catedrático de paleontología en la Universidad de Tubinga entre 1901 y 1956, y continuó enseñando hasta 1965. En 1905, junto a Robert Broom, realizó un estudio exhaustivo de la fauna fósil del Triásico de Karoo (Sudáfrica), una región clave para comprender la transición entre reptiles primitivos y los primeros dinosaurios. También llevó a cabo investigaciones sobre el Triásico de Turingia (1908), el río Nücker (1921‑1924) y el Cretácico de la Patagonia (1919), ampliando enormemente el conocimiento sobre la evolución de los vertebrados en distintos continentes.

Friedrich von Huene nació en Tubinga, en el Reino de Wurtemberg, dentro de una familia noble báltico‑alemana. Esta identidad báltica marcó profundamente su vida, hasta el punto de bautizar su casa en Zeppelinstrasse (hoy Payerstraße) como Villa Baltica. Su padre, Johannes von Hoyningen‑Huene, era un ministro luterano que había estudiado teología en Gotinga, Tubinga y Dorpat, mientras que su madre, Alexandra Baronesse Stackelberg, procedía de una familia noble estonia. Friedrich von Huene creció en un ambiente profundamente religioso y pasó parte de su infancia en Suiza, donde su padre enseñaba en Basilea.

Desde niño mostró interés por los fósiles, llegando incluso a dibujarlos durante sus visitas a Letonia. Estudió en un gimnasio suizo y en 1895 realizó su Abitur con un trabajo centrado en los fósiles del Jurásico. Posteriormente estudió teología y ciencias naturales en la Universidad de Lausana, y más tarde se trasladó a Tubinga para formarse en paleontología y geología bajo la dirección de Ernst von Koken.

En 1897 asistió al VI Congreso Geológico Internacional en San Petersburgo, una experiencia que amplió su visión científica. En 1901 visitó Gran Bretaña, donde conoció a numerosos paleontólogos británicos y recorrió los principales museos del país. Su tesis doctoral, obtenida en 1898, se centró en braquiópodos, ya que consideraba que la estratigrafía geológica era esencial para comprender la historia de la vida. Sin embargo, su mentor Koken lo persuadió para estudiar dinosaurios triásicos, y su habilitación de 1902 fue una revisión exhaustiva de los reptiles del Triásico.

En 1904 se casó con Theodora Lawton, con quien tuvo cinco hijas, entre ellas la paleontóloga Erika von Huene, que continuó parte de su legado científico.

Aunque Friedrich von Huene no destacó como docente —él mismo reconocía que no era un buen maestro y no le interesaba escribir libros de texto—, sí mostró un profundo interés por integrar la ciencia dentro de un marco creacionista. Consideraba la filogenia como una forma de comprender el “plan de Dios”, una visión que combinaba su formación religiosa con su trabajo científico.

En 1911 viajó a Estados Unidos. Cuando estalló la Primera Guerra Mundial, se ofreció como voluntario y en 1915 se convirtió en oficial de caballería. Tras la guerra, no recibió cargos académicos estables e incluso intentó obtener un puesto en Stanford, sin éxito. En 1925 recibió una oferta de la Universidad de Córdoba (Argentina), pero la rechazó. Finalmente, la Universidad de Tubinga le otorgó un puesto de conservador, y él donó sus colecciones personales al museo universitario.

Durante la era nazi, Friedrich von Huene mantuvo un perfil bajo, pero continuó publicando. Ayudó a colegas judíos como Tilly Edinger a encontrar trabajo fuera de Alemania mediante cartas de recomendación, un gesto que demuestra su integridad personal en tiempos difíciles. En 1945 fue nombrado profesor honorario y en 1946 asumió la dirección interina del instituto tras la destitución de Edwin Hennig por sus vínculos con el régimen nazi.

A lo largo de su carrera, Friedrich von Huene describió más de 35 individuos de Plateosaurus procedentes de la famosa cantera de Trossingen. También describió al proto‑dinosaurio Saltopus en 1910, al terópodo Proceratosaurus en 1926, al gigantesco Antarctosaurus en 1929 y numerosos otros dinosaurios, pterosaurios y reptiles fósiles. Fue el primero en nombrar taxones superiores como Prosauropoda y Sauropodomorpha, categorías fundamentales en la clasificación moderna de los dinosaurios.

En 1941 descubrió un fragmento de madera petrificada perforada por madrigueras de bivalvos. Interpretó erróneamente la pieza como la mandíbula inferior de un titanosaurio y la nombró Succinodon. El error fue corregido en 1981 por dos paleontólogos polacos, un recordatorio de que incluso los grandes expertos pueden equivocarse.

En 1928 visitó el Geoparque Paleorrota en Brasil, donde en 1938 recolectó el Prestosuchus chiniquensis, uno de los grandes arcosaurios del Triásico. También estudió numerosos vertebrados del Pérmico‑Carbonífero y del Triásico, incluyendo temnospóndilos, sinápsidos y sauropsidos. En su trabajo sobre los mesosaurios, Friedrich von Huene afirmó que poseían una fenestra temporal inferior, una interpretación rechazada durante décadas pero confirmada por estudios recientes.

En reconocimiento a su legado, varias especies fueron nombradas en su honor, como Lufengosaurus huenei (1941) y Liassaurus huenei (1995), aunque este último nombre no es válido.

Friedrich von Huene vivió hasta los 94 años y dejó una obra científica inmensa, marcada por su rigor, su capacidad de observación y su dedicación a la paleontología de vertebrados. Su influencia sigue presente en la clasificación moderna de los dinosaurios y en el estudio del Triásico.