En 2003, en la cueva de Liang Bua, se halló un esqueleto subfósil muy completo —designado LB1— datado en unos 18.000 años, aunque sin los huesos del brazo. En 2004 se recuperaron restos de otros nueve individuos, todos de talla diminuta, incluida la mandíbula LB6, además de los huesos del brazo derecho del ejemplar original y herramientas líticas de pequeño tamaño, procedentes de estratos comprendidos entre 90.000 y 13.000 años.

La isla de Flores ha sido descrita como un “mundo perdido”, donde especies arcaicas evolucionaron hacia formas gigantes o enanas debido al aislamiento. Allí convivían elefantes enanos (Stegodon), grandes lagartos similares al dragón de Komodo y Homo Floresiensis, considerado un homínido enano. Los investigadores lo apodaron “hobbit” por su tamaño. Los restos más antiguos de Homo Floresiensis rondan los 74.000 años. En la cueva se encontraron herramientas de piedra sofisticadas, adecuadas para un homínido de un metro de altura, con dataciones entre 95.000 y 13.000 años, asociadas a estegodontes jóvenes que probablemente eran cazados por esta especie.

Los huesos de Homo Floresiensis no están fosilizados, sino que presentan una textura frágil, descrita como “papel mojado secándose”. Los investigadores esperan recuperar ADN mitocondrial para compararlo con Homo neanderthalensis y Homo sapiens, aunque la conservación en ambientes tropicales es muy improbable y la contaminación ambiental es elevada.

Se ha propuesto que Homo Floresiensis deriva de Homo erectus, especie de tamaño similar al humano moderno. Según esta hipótesis, una población de Homo erectus habría llegado a Flores hace unos 500.000 años y habría experimentado un marcado enanismo insular, fenómeno común en la fauna de la isla. Las similitudes morfológicas entre ambos sustentan esta idea, aunque no se han encontrado restos directos de Homo erectus en Flores, solo herramientas de piedra de unos 840.000 años que podrían pertenecer a otra especie de homínido.

El esqueleto tipo de Homo Floresiensis, correspondiente a una hembra de unos 30 años y 1,06 m de altura, muestra una reducción corporal aún mayor que la de Homo erectus e incluso inferior a la de Australopithecus, un linaje africano mucho más antiguo. Esto convierte a Homo Floresiensis en uno de los miembros más extremos del género Homo. Su estatura es notablemente menor que la de las poblaciones humanas más pequeñas actuales, como pigmeos africanos, twa o andamaneses. Su masa corporal, estimada en 25 kg, acentúa aún más la diferencia.

Homo Floresiensis tenía brazos relativamente largos, posiblemente útiles para trepar. Esta proporción corporal descarta comparaciones con humanos acondroplásicos, ya que estos no presentan una reducción proporcional del cuerpo. Además, su cerebro era extraordinariamente pequeño: el cráneo LB1, con 380 cm³, se sitúa en el rango de chimpancés y australopitecos. Aunque su volumen cerebral es muy inferior al de Homo erectus, la relación entre masa corporal y tamaño cerebral es comparable, lo que sugiere que Homo Floresiensis no era necesariamente menos inteligente.

Los descubridores han asociado a Homo Floresiensis comportamientos avanzados, como el uso del fuego para cocinar y la fabricación de herramientas de tradición paleolítica superior, típicas de humanos modernos. Algunas de estas herramientas parecen haber sido empleadas en la caza cooperativa del estegodonte enano. En el yacimiento de Mata Menge se hallaron utensilios muy similares a los de Liang Bua, con dataciones entre 840.000 y 700.000 años, lo que descarta su atribución a Homo sapiens, inexistente en esa época.

La isla de Flores permaneció aislada incluso durante los periodos de bajo nivel marino, lo que sugiere que Homo Floresiensis o sus ancestros llegaron mediante algún tipo de navegación primitiva, quizá en balsas de bambú hace unos 100.000 años. La complejidad tecnológica y la cooperación observada han llevado a proponer que Homo Floresiensis poseía algún tipo de lenguaje, hipótesis controvertida pero apoyada por su aparente sofisticación cultural.

La especie habría sobrevivido hasta hace unos 12.000 años, convirtiéndose en el homínido más longevo tras Homo neanderthalensis. Homo Floresiensis coexistió con Homo sapiens durante miles de años, aunque se desconoce la naturaleza de sus interacciones. Una erupción volcánica en Flores habría provocado su desaparición junto con gran parte de la fauna local.

Algunos investigadores sugieren que Homo Floresiensis pudo sobrevivir más tiempo en otras zonas de la isla, dando origen a relatos sobre los Ebu gogo, pequeños humanoides del folclore local. También se han comparado con el Orang Pendek de Sumatra, aunque estas historias se consideran más cercanas a la criptozoología que a la ciencia.

El descubrimiento de Homo Floresiensis ha sido considerado uno de los más importantes de la antropología moderna, pues desafía la visión lineal de la evolución humana y amplía la diversidad conocida del género Homo. Ha reavivado debates sobre los modelos africano y multirregional, aunque Homo Floresiensis no es un antepasado directo de los humanos modernos.

El hallazgo también generó controversias. El paleontólogo Teuku Jacob sostuvo que los restos pertenecían a un Homo sapiens patológico, afectado por microcefalia o cretinismo. Sin embargo, estudios posteriores demostraron que las proporciones corporales, la morfología craneal y la anatomía de la muñeca y el hombro de Homo Floresiensis no coinciden con ninguna patología humana conocida. Además, la presencia de múltiples individuos diminutos refuerza la existencia de una población estable y no de casos aislados de enfermedad.

Investigaciones sobre la muñeca revelaron que Homo Floresiensis presenta una morfología más cercana a la de homínidos primitivos que a la de Homo sapiens o Homo neanderthalensis. Lo mismo ocurre con la escápula y la clavícula, que muestran rasgos arcaicos. Las mandíbulas LB1, LB2 y LB6 también presentan características que las sitúan fuera del rango de variación de humanos modernos y de Homo erectus, compartiendo rasgos con australopitecos y primeros Homo.

Estas evidencias sugieren que los ancestros de Homo Floresiensis pudieron abandonar África antes de la aparición de Homo erectus, quizá relacionados con Homo georgicus o alguna rama temprana de Homo habilis o Homo rudolfensis. De confirmarse, sería la primera prueba de supervivencia prolongada de un linaje humano muy antiguo en el sudeste asiático, lo que obligaría a replantear profundamente el modelo clásico de evolución humana.

Homo Floresiensis incluso ha inspirado obras de ficción, como el falso documental The Cannibal in the Jungle, que especula con encuentros modernos con homínidos enanos.