Nació en Cooperstown, Illinois, aunque su familia se trasladó pronto a Cooper, Iowa, donde creció. Su padre desempeñó un papel fundamental en su educación temprana, combinando la enseñanza doméstica con el trabajo agrícola en la granja familiar. Esta mezcla de estudio y trabajo físico moldeó el carácter de Hatcher, acostumbrándolo desde joven a la disciplina, la resistencia y la observación del entorno natural, cualidades que más tarde serían esenciales en su carrera como paleontólogo de campo.

John Bell Hatcher inició sus estudios universitarios en Iowa, pero posteriormente se trasladó a Yale, donde completó una licenciatura en Filosofía. Fue en Yale donde su destino cambió para siempre: al mostrar su colección de fósiles al célebre paleontólogo Othniel Charles Marsh, este reconoció de inmediato su talento natural para la recolección y preparación de fósiles. Marsh, una de las figuras más influyentes de la paleontología estadounidense, lo contrató casi de inmediato. Hatcher pasó de ser un estudiante recién graduado a convertirse en uno de los principales cazadores de dinosaurios del país. El propio Marsh lo apodó “el Rey de los Collectors”, un título que reflejaba su extraordinaria habilidad para encontrar y extraer fósiles en condiciones extremas.

Recién salido de la universidad, Hatcher fue enviado por todo Estados Unidos para participar en excavaciones dirigidas por Marsh. Al principio trabajó como ayudante de campo, pero pronto demostró una capacidad excepcional para dirigir excavaciones por su cuenta. Su pasión estaba en el terreno, en la búsqueda directa de fósiles, en la exploración de territorios remotos y en el trabajo físico de extraer huesos gigantescos de capas rocosas difíciles. En 1888 fue enviado a Wyoming para investigar unos fósiles con cuernos que Marsh había recibido. Durante cuatro años de trabajo intenso, Hatcher logró encontrar treinta y tres cráneos de ceratópsidos y restos de otros diecisiete individuos, un logro extraordinario que cimentó su reputación como uno de los mejores colectores de dinosaurios del mundo.

En 1893 comenzó a trabajar como curador de paleontología de vertebrados en la Universidad de Princeton. Fue durante su etapa en Princeton cuando diseñó y dirigió sus famosas expediciones patagónicas, una serie de viajes científicos a Sudamérica que condujeron al descubrimiento de numerosos mamíferos del Mioceno. Aunque sus hallazgos fueron de enorme importancia, muchos de sus resultados no se publicaron en artículos científicos formales, sino en informes extensos que circularon entre instituciones académicas. Aun así, estas expediciones ampliaron significativamente el conocimiento sobre la fauna fósil sudamericana y consolidaron a Hatcher como un investigador de alcance internacional.

A partir del año 1900, Hatcher fue contratado como curador de paleontología y osteología en el Museo Carnegie de Historia Natural. Allí asumió la responsabilidad de investigar y montar el famoso Diplodocus carnegii, una especie nombrada por él en honor a su mecenas Andrew Carnegie, el industrial escocés-estadounidense. Su monografía sobre este dinosaurio, publicada en 1901 bajo el título “Diplodocus Marsh: Su osteología, taxonomía y hábitos probables, con una restauración del esqueleto”, se convirtió en una obra de referencia en el estudio de los saurópodos. El montaje del Diplodocus carnegii fue tan influyente que réplicas del esqueleto se enviaron a museos de todo el mundo, convirtiéndose en uno de los dinosaurios más reconocibles de la historia.

Tras la muerte de Marsh, Hatcher lo sucedió como paleontólogo del Servicio Geológico de los Estados Unidos. Henry Fairfield Osborn, otra figura clave de la paleontología estadounidense, le pidió que completara una monografía sobre los ceratópsidos que Marsh había dejado inconclusa. Hatcher aceptó, pero murió antes de terminarla. La obra fue completada por Richard Swann Lull en 1907 e incluyó ilustraciones del famoso paleoartista Charles R. Knight. Esta monografía se convirtió en un texto fundamental para el estudio de los dinosaurios con cuernos.

En 1887, Hatcher se casó con Anna Matilda Hatcher Peterson. La pareja tuvo siete hijos, aunque tres de ellos murieron antes de llegar a la edad adulta, una tragedia que marcó profundamente a la familia. John Bell Hatcher murió en Pittsburgh, Pensilvania, víctima de fiebre tifoidea, mientras trabajaba precisamente en la monografía sobre Ceratopsia que Marsh había dejado sin terminar. Fue enterrado en el cementerio de Homewood, en Pittsburgh. Su tumba permaneció sin marcar durante noventa y un años, ya que su viuda y sus hijos regresaron a Iowa tras su muerte. En 1995, durante la reunión anual de la Sociedad de Paleontología de Vertebrados en Pittsburgh, varios miembros de la comunidad científica financiaron una lápida en su honor, grabada con su nombre y una imagen arenada de Torosaurus, el dinosaurio que lo hizo famoso.

El legado de Hatcher también se refleja en la nomenclatura zoológica. Su nombre se conmemora en la especie de lagarto sudamericano Liolaemus hatcheri y en el nombre científico de un notoungulado. Su trabajo de campo, su dedicación incansable y su capacidad para encontrar fósiles en cantidades extraordinarias lo convirtieron en una figura esencial en la historia de la paleontología. Su vida fue breve, pero su impacto científico perdura más de un siglo después de su muerte.