Megalograptus se alimentaba de trilobites, peces primitivos, otros euriptéridos y pequeños ortoconos enterrados en la arena, a los que detectaba gracias a las espinas sensoriales de sus apéndices, lo que demuestra que Megalograptus era un depredador versátil y oportunista.

Megalograptus estaba estrechamente relacionado con Mixopterus, y de hecho ambos géneros compartían una morfología similar. Megalograptus poseía un par de apéndices anteriores con pinzas, aunque estas no eran pinzas articuladas como las de los escorpiones modernos, sino estructuras basales provistas de púas que servían para sujetar y desgarrar presas. La cola de Megalograptus tenía forma de tenedor, aunque era plana y estaba adaptada para remar en el agua, lo que indica que Megalograptus era un nadador competente. A diferencia de los escorpiones actuales, Megalograptus no poseía aguijón, lo que confirma que su estrategia de caza se basaba en la fuerza mecánica de sus apéndices y no en el uso de veneno. Megalograptus tenía también un par de ojos compuestos que le proporcionaban una visión relativamente buena, así como un par de quelíceros semejantes a pequeñas tenazas provistas de púas, que complementaban su aparato depredador.

Megalograptus vivió en ecosistemas marinos ricos y diversos, especialmente en arrecifes de coral donde abundaban crinoideos, esponjas, ammonites primitivos y otros nautiloideos como Cameroceras, que era uno de los principales depredadores de Megalograptus. En estos arrecifes también convivían trilobites y otros euriptéridos como Eurypterus, lo que convertía a estos ambientes en escenarios de intensa interacción ecológica. Probablemente salía a las costas cercanas para desovar, un comportamiento que se observa en algunos quelicerados modernos y que sugiere que Megalograptus tenía ciclos reproductivos vinculados a zonas menos profundas.

Ha tenido presencia en la cultura popular científica. En el especial de la BBC Sea Monsters (Paseando con Dinosaurios: Monstruos Marinos), los Megalograptus atacan repetidamente a Nigel Marven: uno lo muerde, otros destruyen su lancha, y en general se los representa como depredadores agresivos y persistentes. Megalograptus también aparece en el documental Animal Armageddon, en el capítulo “Letal Rays”, donde se lo muestra como uno de los grandes artrópodos del Ordovícico. Aunque estas representaciones exageran su comportamiento para fines dramáticos, han contribuido a popularizar la imagen de Megalograptus como un euriptérido formidable.

Megalograptus, con su tamaño considerable, sus apéndices espinosos, su cola adaptada a la natación y su papel como depredador activo en los mares ordovícicos, representa uno de los ejemplos más interesantes de la evolución temprana de los euriptéridos. Su anatomía revela una combinación de rasgos primitivos y adaptaciones especializadas que lo convierten en una pieza clave para comprender la diversificación de los quelicerados marinos durante el Paleozoico.