Se caracterizaba por un exoesqueleto robusto, ornamentado con tubérculos dispersos o escamas semicirculares que probablemente cumplían funciones tanto defensivas como sensoriales. El prosoma era subcuadrado y sobresalía hacia adelante, proporcionando un soporte firme para los ojos y los apéndices frontales. Los quelíceros de Mixopterus eran pequeños, lo que indica que no dependía de grandes pinzas para capturar presas, sino de otros apéndices más especializados.

Los dos primeros pares de patas (apéndices II y III) estaban altamente modificados y no se utilizaban para caminar. En lugar de ello, Mixopterus poseía en estos apéndices largas espinas pareadas, dispuestas de manera que podían cerrarse como una trampa. Los dos pares siguientes (apéndices IV y V) eran patas ambulatorias de tamaño moderado, típicamente espinosas, que Mixopterus utilizaba para desplazarse por el fondo marino. El último par de patas (apéndices VI) estaba transformado en un par de grandes patas natatorias, una característica típica de los euriptéridos más avanzados. Esta combinación de apéndices especializados convertía en un depredador versátil, capaz de caminar, excavar y realizar movimientos natatorios limitados.

El preabdomen de Mixopterus era estrecho y presentaba surcos axiales bien definidos, mientras que el postabdomen era también estrecho y culminaba en un telson en forma de espina curva. Este telson de Mixopterus no solo servía como timón durante la natación, sino que también podía utilizarse como arma. Al empujar la cola hacia adelante, Mixopterus podía clavar la espina del telson en una presa atrapada entre sus patas frontales espinosas. La estructura de la cola sugiere que Mixopterus era capaz de desplazarse en tierra firme, aunque este movimiento habría sido difícil debido al peso del cuerpo y a la falta de adaptaciones específicas para la locomoción terrestre. Aun así, Mixopterus podría haber realizado desplazamientos cortos fuera del agua, especialmente en zonas intermareales.

La respiración no habría sido un problema durante estos desplazamientos, ya que sus branquias húmedas estaban protegidas bajo las placas ventrales. Mixopterus probablemente utilizaba sus patas natatorias para excavar en la arena y enterrarse parcialmente, dejando solo la parte frontal del prosoma y los ojos expuestos. Desde esta posición, Mixopterus podía esperar inmóvil a que una presa se acercara lo suficiente. Cuando esto ocurría, los apéndices frontales de Mixopterus se cerraban rápidamente, formando una especie de jaula espinosa que atrapaba al animal desprevenido.

Los euriptéridos con patas natatorias eran capaces tanto de caminar por el fondo como de nadar, pero Mixopterus no parece haber sido un nadador especialmente eficiente. A diferencia de los pterigótidos, que desarrollaron grandes aletas natatorias y cuerpos hidrodinámicos, Mixopterus probablemente se mantenía cerca del fondo marino. Durante la natación, Mixopterus colocaba sus patas ambulatorias hacia atrás para producir pequeñas brazadas laterales, mientras que las patas natatorias actuaban como aletas verticales. Es posible que Mixopterus pudiera impulsarse hacia adelante mediante movimientos rápidos de las placas ventrales, pero esta capacidad se considera improbable debido a su anatomía.

Mixopterus probablemente caminaba sobre el fondo marino con un patrón de marcha similar al de muchos insectos modernos. Los apéndices frontales, pesados y especializados, se mantenían elevados por encima del sustrato, equilibrando el peso del largo abdomen. Las patas extendidas proporcionaban un punto de apoyo estable, que podía ajustarse levantando la cola. En tierra, la cola elevada actuaba como contrapeso, una función aún más importante debido a la ausencia de flotabilidad.

Mixopterus poseía un largo apéndice genital situado en la parte ventral del cuerpo. El apareamiento en Mixopterus probablemente era similar al de los cangrejos herradura modernos. Se presume que Mixopterus tenía un órgano de agarre en el apéndice II, con forma de lóbulo plano y redondeado acompañado de una espina en forma de cuchilla, similar a los órganos de agarre de Limulus. El macho de Mixopterus podría adherirse a los bordes laterales del último segmento prosomal de la hembra y dirigir su apéndice genital hacia la zona donde ella almacenaba los huevos.

Huellas fósiles atribuidas a Mixopterus han sido descubiertas en depósitos silúricos de Ringerike, Noruega. Estas huellas pertenecen al icnogénero Merostomichnites y fueron producidas por un artrópodo que utilizaba solo tres pares de patas para caminar, mientras que el último par correspondía a patas natatorias. Entre los euriptéridos presentes en la región, solo Mixopterus kiaeri y Erettopterus holmi alcanzaban tamaños compatibles con las huellas. Sin embargo, Erettopterus tenía patas más delgadas y un apéndice genital más corto, lo que lo descarta como autor de las huellas. Las similitudes morfológicas y la abundancia de Mixopterus kiaeri en la zona llevaron a Hanken y Størmer, en 1975, a atribuir las huellas a Mixopterus.

Mixopterus, con su combinación de apéndices especializados, su telson armado, su capacidad para excavar y emboscar presas y su posible locomoción terrestre limitada, representa uno de los euriptéridos más singulares y fascinantes del Silúrico Tardío. Su estudio continúa proporcionando información esencial sobre la diversidad ecológica y funcional de los escorpiones marinos.