A principios de la década de 1980, el misterio comenzó a resolverse cuando se encontraron por primera vez elementos de Conodonta asociados al fósil del organismo completo en un yacimiento tipo Konservat-Lagerstätte, donde las condiciones excepcionales permitieron la preservación de tejidos blandos. Este descubrimiento revolucionó la comprensión de Conodonta, ya que reveló que estos animales poseían cuerpos alargados y delicados que rara vez fosilizaban. En 1994 se hallaron fósiles extraordinariamente bien conservados del género Promissum, sorprendentes por su gran tamaño en comparación con lo que se esperaba de Conodonta, lo que amplió aún más la visión sobre la diversidad morfológica del grupo.

A partir de las once impresiones corporales conocidas —a veces llamadas condontóforos— se deduce que Conodonta eran organismos de aspecto similar al de una anguila, con cuerpos alargados y flexibles. En la cabeza de Conodonta se disponían entre 15 y, más raramente, 19 elementos dentales organizados con simetría bilateral, formando un aparato alimentario completamente distinto de las mandíbulas de los peces modernos. A pesar de su apariencia feroz, se cree que Conodonta eran animales herbívoros o filtradores: los “dientes” de Conodonta probablemente servían para capturar plancton o filtrar partículas suspendidas en el agua. No obstante, no se descarta que algunas especies de Conodonta pudieran haber utilizado estos elementos para morder presas pequeñas. Las tres morfologías dentarias de Conodonta —coniformes, ramiformes y pectiniformes— podrían haber tenido funciones diferentes dentro del aparato alimentario. La posición lateral de los ojos de Conodonta, poco común en animales carnívoros, refuerza la idea de un estilo de vida no depredador.

Hoy se acepta ampliamente que Conodonta poseía grandes ojos, aletas con radios, músculos en forma de galón y un notocordio, características definitorias del filo Chordata. Estas similitudes han llevado a muchos investigadores a considerar Conodonta como vertebrados primitivos, similares en apariencia a las lampreas modernas. Esta interpretación fue defendida por Milsom y Rigby (2004) y respaldada por análisis cladísticos como los de Donoghue et al. (2000). Sin embargo, estos estudios también advierten que las formas más tempranas de Conodonta, los protoconodontos, parecen formar un clado separado de los paraconodontos y euconodontos más recientes. Investigaciones paleontológicas recientes sugieren que los protoconodontos no estarían relacionados con los otros dos grupos de Conodonta y pertenecerían en realidad al filo Chaetognatha, un grupo de gusanos depredadores marinos con un registro fósil escaso. Esto implica que Conodonta, tal como se define tradicionalmente, podría incluir organismos de linajes distintos.

Conodonta se utiliza ampliamente en bioestratigrafía debido a su abundancia, rápida evolución y amplia distribución geográfica. Los elementos dentales de Conodonta también se emplean como paleotermómetros, ya que el fosfato y la materia orgánica que los componen cambian de color de manera predecible cuando se someten a diferentes temperaturas. Esta propiedad ha convertido a Conodonta en una herramienta fundamental para evaluar las alteraciones térmicas de las rocas, especialmente en prospecciones petrolíferas que abarcan desde el Cámbrico hasta el Triásico superior. El llamado “Índice de Alteración Conodonto” correlaciona el color de los elementos de Conodonta con la temperatura máxima alcanzada por la roca a lo largo de su historia geológica, proporcionando información crucial para la reconstrucción térmica de cuencas sedimentarias.

Conodonta, con su combinación de misterio histórico, importancia estratigráfica, anatomía sorprendente y compleja historia evolutiva, representa uno de los grupos fósiles más fascinantes del registro paleontológico. Su estudio ha permitido comprender mejor la evolución temprana de los cordados y ha proporcionado herramientas esenciales para la geología moderna.