Vivió en el Cámbrico Inferior y sus fósiles fueron hallados en los esquistos de Maotianshan, dentro de la Formación Qiongzhusi, en la zona Eoredlichia, cerca de Haikou, en Ercaicun (Kunming, Yunnan, China). Este yacimiento, junto con Chengjiang, es uno de los más importantes del mundo para estudiar los primeros pasos de la evolución animal compleja.

Haikouichthys tenía una cabeza y un tronco claramente diferenciados. La cabeza presentaba al menos seis y posiblemente hasta nueve arcos branquiales, lo que indica un sistema respiratorio relativamente avanzado para su época. El tronco mostraba numerosos segmentos musculares (miómeros) en forma de “V”, un rasgo típico de los cordados. Estos miómeros sugieren la presencia de un notocordio, aunque solo se ha preservado un pequeño fragmento en el único espécimen conocido. La presencia de un notocordio, aunque incompleta, es uno de los indicios más importantes de su afinidad con los cordados.

Una prominente aleta dorsal recorría su espalda, sostenida por radios internos. Sin embargo, esta estructura no es comparable a la de los mixinos o lampreas actuales, sino que representa una etapa muy temprana en la evolución de las aletas impares. Los radios de la aleta dorsal se inclinan hacia adelante, lo que da la impresión de que su base interna se origina cerca de la cabeza.

Los análisis cladísticos indican que Haikouichthys es probablemente un craneado basal o un cordado muy primitivo. Medía unos 2,5 centímetros de longitud y era más estrecho que Myllokunmingia, otro supuesto cordado primitivo procedente de los mismos estratos. Algunos investigadores han sugerido que ambos podrían ser sinónimos, pero D.-G. Shu, de la Universidad del Noroeste de China en Xi’an, considera esta posibilidad poco probable.

Los investigadores han identificado en Haikouichthys ojos, cartílagos craneales, entre seis y nueve arcos branquiales, posibles sacos nasales y cápsulas óticas. Esto implica que su cabeza ya poseía una organización comparable, en líneas generales, a la de los vertebrados modernos. Es probable que su cerebro estuviera dividido en regiones equivalentes a las de los vertebrados actuales, aunque de forma muy rudimentaria.

Los descriptores del taxón informaron inicialmente la presencia de un notocordio, aunque algunos investigadores consideran que esta afirmación es incierta debido a la mala preservación. Aun así, la presencia de miómeros con cheurones dirigidos hacia atrás en la cola indica que Haikouichthys era efectivamente un cordado. También se han identificado aletas dorsal, ventral y caudal completas, lo que sugiere un animal nadador activo.

Los radiales de las aletas muestran similitudes con los de mixinos y lampreas, aunque no son idénticos. Parecen inclinarse hacia adelante, lo que refuerza la idea de que la región cefálica estaba más desarrollada que la caudal. A lo largo de la parte inferior del cuerpo se observan 13 estructuras circulares que podrían ser gónadas, glándulas mucosas o incluso órganos de función desconocida. Su interpretación sigue siendo objeto de debate.

Haikouichthys fue representado en el documental de la BBC Walking with Monsters como el ancestro de todos los vertebrados, una simplificación popular pero útil para ilustrar su importancia evolutiva. Aunque no puede afirmarse que sea el “primer pez” en sentido estricto, sí representa uno de los primeros pasos claros hacia la aparición de los vertebrados, con un cuerpo segmentado, un cráneo primitivo y un sistema nervioso central incipiente.

Su descubrimiento ha sido fundamental para comprender cómo surgieron los vertebrados a partir de cordados más simples. Haikouichthys muestra que, ya en el Cámbrico temprano, existían animales con estructuras craneales, musculatura segmentada y sistemas sensoriales complejos. Esto sugiere que la diversificación de los cordados fue rápida y profunda, y que los primeros vertebrados aparecieron mucho antes de lo que se pensaba.

Haikouichthys, con su mezcla de rasgos primitivos y avanzados, es una pieza clave para reconstruir la historia evolutiva del linaje vertebrado. Su anatomía, su contexto geológico y su posición filogenética lo convierten en uno de los fósiles más importantes del Cámbrico Inferior.