El cuerpo de Jamoytius era alargado y flexible, con un par de largas aletas laterales que recorrían buena parte de su longitud. Estas aletas, aunque simples, indican que Jamoytius era un nadador competente, capaz de desplazarse con agilidad en aguas poco profundas. La especie J. kerwoodi tenía un aspecto general que recuerda a una lamprea moderna: un cuerpo serpentiforme, una boca circular y un perfil hidrodinámico. Sin embargo, a diferencia de las lampreas actuales, Jamoytius no poseía dientes ni estructuras dentales en la boca, lo que descarta un estilo de vida depredador. En lugar de ello, es probable que Jamoytius se alimentara mediante filtración, utilizando su boca redonda para capturar microorganismos y partículas orgánicas suspendidas en el agua, de forma similar a cómo se alimentan algunos peces filtradores modernos o incluso las ballenas barbadas, aunque a una escala mucho menor.

El esqueleto de Jamoytius era cartilaginoso, lo que lo sitúa entre los vertebrados más primitivos conocidos. Poseía una cesta branquial comparable a la de los ciclóstomos actuales, lo que sugiere una posible relación evolutiva con ese clado. Este rasgo, junto con otros elementos anatómicos, ha llevado a algunos investigadores a proponer que Jamoytius podría representar un antepasado temprano de los vertebrados sin mandíbula modernos. Además, Jamoytius es uno de los primeros vertebrados conocidos que presenta ojos de tipo cámara, una estructura óptica más avanzada que los simples ocelos de muchos invertebrados, lo que indica que ya había desarrollado una capacidad visual relativamente sofisticada para su época.

El cuerpo de Jamoytius estaba segmentado internamente mediante miómeros en forma de triángulo, un patrón muscular característico de los vertebrados primitivos que permitía movimientos ondulatorios eficientes. A diferencia de sus antepasados más simples, Jamoytius poseía una aleta caudal en forma de media luna, lo que habría mejorado su capacidad de propulsión. Su cuerpo estaba cubierto por escamas muy poco mineralizadas, lo que sugiere que la mineralización del tegumento en los vertebrados fue un proceso gradual que se desarrolló plenamente en grupos posteriores como los placodermos y los peces óseos.

Jamoytius fue descrito originalmente por el paleontólogo Errol White a partir de dos especímenes fósiles. El nombre del género es un homenaje a J. A. Moy-Thomas, un destacado investigador en paleontología de vertebrados. Desde su descubrimiento, Jamoytius ha sido objeto de numerosos debates científicos debido a la dificultad de interpretar su anatomía. La preservación de los fósiles es limitada y muchos de sus rasgos no coinciden claramente con las sinapomorfias típicas de los cordados, lo que ha llevado a múltiples reclasificaciones a lo largo del tiempo.

En distintos momentos, Jamoytius ha sido interpretado como un anáspido basal, como un “anáspido no especializado”, como un miembro primitivo del linaje de los ciclóstomos o incluso como un taxón hermano de las lampreas. La falta de características diagnósticas claras ha dificultado su ubicación precisa dentro del árbol evolutivo de los vertebrados. Sin embargo, su importancia radica precisamente en esa ambigüedad: Jamoytius representa un estadio evolutivo extremadamente temprano, un organismo que conserva rasgos ancestrales que se perdieron en linajes posteriores y que permite vislumbrar cómo pudieron ser los primeros vertebrados que exploraron los mares del Silúrico.

Jamoytius, con su mezcla de rasgos primitivos y características incipientes de vertebrados más avanzados, constituye uno de los fósiles más valiosos para comprender la transición entre los primeros cordados y los vertebrados plenamente desarrollados. Su estudio continúa siendo fundamental para reconstruir los orígenes de los peces y, en última instancia, de todos los vertebrados que poblaron la Tierra.