Junto a ellos aparecieron conchas perforadas que habrían servido como adornos y alimento. Inicialmente fueron clasificados como neandertales bajo el nombre Palaeoanthropus palaestinensis (Weidenreich, 1932), aunque posteriormente se atribuyeron a Homo sapiens tempranos, si bien su relación exacta con los humanos modernos sigue siendo objeto de debate.

Los fósiles de Skhul y Qafzeh presentan una mezcla de rasgos arcaicos y modernos. Las dataciones mediante resonancia paramagnética electrónica y termoluminiscencia sitúan su antigüedad entre 80.000 y 120.000 años. Su capacidad craneal es comparable a la de los humanos actuales, pero conservan arcos superciliares marcados y un rostro proyectado, rasgos típicos de los neandertales. Durante décadas se interpretaron como formas transicionales entre neandertales y humanos modernos, o incluso como híbridos. En la cercana cueva de Kebara se han encontrado neandertales datados entre 61.000 y 48.000 años, pero se ha propuesto que los grupos de Skhul y Qafzeh desaparecieron hacia los 80.000 años debido a un clima más frío y seco, lo que habría permitido el retorno de poblaciones neandertales sin que ambos grupos llegaran a coexistir.

Una hipótesis más reciente sostiene que los homínidos de Skhul y Qafzeh representan la primera salida de humanos modernos desde África hace unos 125.000 años, probablemente a través de la península del Sinaí. Sus rasgos robustos serían, por tanto, características primitivas de Homo sapiens y no rasgos neandertales. El hallazgo de herramientas modernas de unos 125.000 años en Jebel Faya (Emiratos Árabes Unidos) podría indicar una dispersión aún más temprana. En 2018 se anunció que restos humanos modernos hallados en la cueva de Misliya, en el monte Carmelo, habían sido datados en unos 185.000 años, lo que adelanta todavía más la cronología de la expansión fuera de África.

Los investigadores Ian Wallace y John Shea desarrollaron una metodología para analizar los conjuntos de núcleos líticos del Paleolítico Medio en el Levante, con el objetivo de identificar patrones de movilidad entre distintas poblaciones humanas. Su método compara la proporción de núcleos “formales” y “expedientes” para distinguir estrategias de desplazamiento entre neandertales y humanos modernos.

En 2005 se estudiaron siete dientes procedentes de la cueva de Tabun (Israel) y se determinó que probablemente pertenecían a un neandertal que vivió hace unos 90.000 años. Otro individuo de Tabun (C1) fue datado en 122.000 años. Si estas fechas son correctas, neandertales y humanos modernos tempranos pudieron coincidir en la región, lo que abre la posibilidad de que los homínidos de Skhul y Qafzeh tengan algún grado de ascendencia neandertal.

Los humanos modernos no africanos poseen entre un 1% y un 4% de ADN neandertal, lo que sugiere episodios de hibridación en Oriente Próximo. Sin embargo, también se ha planteado que los grupos de Skhul y Qafzeh representen un linaje extinguido. En ese caso, la salida de África de los antepasados directos de los humanos modernos habría ocurrido hace unos 70.000 años, siguiendo la ruta del estrecho de Bab‑el‑Mandeb entre Eritrea y la península Arábiga, la misma vía propuesta para los autores de las herramientas de Jebel Faya.

En la cueva de Skhul se descubrieron entre 1925 y 1935 diez individuos (siete adultos y tres niños), algunos de ellos enterrados intencionalmente. El cráneo Skhul 5 muestra arcos superciliares prominentes, típicos de humanos arcaicos, pero también una frente alta propia de Homo sapiens. Skhul 9 presenta similitudes con poblaciones actuales del África occidental, aunque conserva rasgos arcaicos como el prognatismo y los arcos superciliares marcados.

La cueva de Qafzeh fue excavada por René Neuville en 1934, encontrándose restos de cinco individuos, hogares, enterramientos, herramientas de sílex y fauna (gacelas, caballos, gamos, bóvidos y rinocerontes). Excavaciones posteriores añadieron más restos humanos. Qafzeh 6, descubierto en 1934, es un individuo masculino con algunos rasgos neandertales, aunque más cercano a Homo sapiens. Qafzeh 9, probablemente una mujer joven, presenta rasgos claramente modernos. Su grado de prognatismo es menor que el de los neandertales, Kabwe y Jebel, similar al de Skhul 4 y Skhul 5, y mayor que el de Homo helmei y los Homo sapiens actuales de Eurasia y el norte de África.