En 1999, Sterkfontein fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO, y toda el área pasó a conocerse como la “Cuna de la Humanidad”.

Las excavaciones modernas comenzaron a finales de la década de 1890, cuando los mineros que extraían piedra caliza encontraron fósiles incrustados en las rocas. Sin embargo, no fue hasta 1936 cuando se iniciaron excavaciones sistemáticas dirigidas por estudiantes del profesor Raymond Dart y por el Dr. Robert Broom, de la Universidad de Witwatersrand. Estos trabajos revelaron los primeros homínidos tempranos del yacimiento. Ese mismo año, Sterkfontein proporcionó el primer ejemplar adulto de Australopithecus, confirmando la hipótesis de Dart de que el Niño de Taung (Australopithecus africanus) pertenecía a un ancestro humano.

Durante la Segunda Guerra Mundial las excavaciones se detuvieron, pero el Dr. Broom las retomó posteriormente. En 1947 descubrió un cráneo casi completo de Australopithecus africanus, perteneciente a una hembra adulta o quizá a un macho joven. Lo bautizó como Plesianthropus transvaalensis, aunque es más conocido por su apodo: “Señora Ples”. Se estima que estos restos tienen entre 2,6 y 2,8 millones de años, situándose en el Plioceno.

En 1997, Ronald J. Clarke halló un esqueleto casi completo de un homínido temprano dentro de las cuevas. La extracción del fósil fue extremadamente compleja y aún continúa. Este individuo, apodado “Little Foot” (“Pie Pequeño”), debe su nombre a que los primeros huesos identificados en 1995 pertenecían al pie. Su antigüedad se estima en unos 3,3 millones de años.

Hasta la fecha, Sterkfontein ha proporcionado alrededor de 500 fósiles de homínidos, lo que lo convierte en el yacimiento más rico del mundo para este tipo de restos. La datación isócrona del entierro del espécimen StW 573 arrojó una antigüedad de 3,67 millones de años. Las herramientas de piedra más antiguas encontradas en el yacimiento han sido datadas en 2,18 millones de años.

La mayoría de los fósiles proceden del llamado Miembro 4, una brecha de cueva actualmente expuesta por la erosión. Las dataciones mediante isótopos cosmogénicos (Al‑26 y Be‑10) indican edades de enterramiento de entre 3,41 ± 0,11 Ma y 3,61 ± 0,09 Ma, lo que sitúa casi todos los restos de Australopithecus de Sterkfontein en el Plioceno medio, contemporáneos de Australopithecus afarensis en África Oriental.

Las excavaciones continúan activas, y los más de 500 fósiles recuperados consolidan a Sterkfontein como uno de los yacimientos paleoantropológicos más importantes del planeta. En 2015, una de las cámaras del sistema de cuevas, conocida como Miner Hall, proporcionó restos de homínidos de unos 2 millones de años que podrían estar asociados a herramientas líticas. Entre estos fósiles se encuentran un diente y una falange con una mezcla de rasgos arcaicos y modernos: el dedo recuerda a los de Homo habilis, mientras que el diente presenta similitudes con Homo naledi, especie descubierta en las cercanas cuevas de Rising Star.